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事業承継M&A補助金とは?2026年の申請条件と手順

計算機と帳簿を使って収支を整理する手元

公開: 2026-10-25 / 更新: 2026-10-25 ・ 読了 約4分

この記事の要点

  • 事業承継の補助金は補助率1/2〜2/3程度、上限数百万円程度が目安
  • 専門家活用枠は仲介手数料やDD費用が対象になりやすい
  • 公募期間は年複数回・1〜2カ月程度と短く早めの準備が必要

事業承継M&A補助金とは何か、結論から解説

事業承継・M&Aに使える代表的な公的支援は「事業承継・引継ぎ補助金」で、M&Aの専門家費用や設備投資費用の一部が補助される制度です。つまり、補助率はおおよそ1/2〜2/3、補助上限額は数百万円程度のケースが多く、申請には公募要領で定められた要件を満たす必要があります。

この記事では、制度の種類・対象経費・申請手順・よくある失敗例を整理します。公募要領は年度ごとに内容が変わるため、最終的な金額や要件は必ず公式情報で確認してください。

事業承継・引継ぎ補助金の全体像

3つの枠組みがある

事業承継・引継ぎ補助金は、大きく分けて次の3類型で構成されることが一般的です。

専門家活用枠は、仲介手数料や着手金、中間金といったM&A特有のコストに充てられる点が特徴です。補助率は1/2以内、上限額は数百万円程度に設定される年度が多く、買い手側・売り手側どちらも対象になり得ます。

旧情報と最新情報の違いに注意

補助金の制度は毎年度見直されており、名称・補助率・上限額が変更されることがあります。

項目旧情報(過去年度の一般的傾向)最新情報(申請前に必ず確認)
補助率1/2〜2/3程度の年度が多い公募要領でその年度の数値を確認
上限額数百万円程度のケースが中心枠・類型ごとに異なるため個別確認
対象経費仲介手数料・DD費用などが中心年度により追加・除外される費目あり

古い記事やブログの情報をそのまま使うと、実際の公募要領と食い違うことがあるため注意が必要です。2024年時点では年に複数回の公募が行われていましたが、スケジュールも年度により変動します。

計算機と封筒を並べた資金計画の机
計算機と封筒を並べた資金計画の机 /イメージ画像

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申請の手順

ステップ1:対象になるか確認する

まず、自社がどの枠(経営革新・専門家活用・廃業再チャレンジ)に該当するかを確認します。中小企業・小規模事業者であること、事業承継やM&Aの実施(予定)があることなどが基本条件になりますが、具体的な要件は年度の公募要領に記載されています。

ステップ2:事業計画・見積書を準備する

専門家活用枠であれば、M&A仲介会社やFAとの契約書案、見積書、業務委託の内容が分かる資料が必要になります。経営革新枠であれば、承継後の事業計画書や収支計画の作成が求められることが一般的です。

ステップ3:電子申請システムで申請する

多くの補助金は電子申請システム(jGrants等)を通じて申請します。GビズIDの取得に数日〜数週間かかることがあるため、公募締切の直前に慌てないよう早めの準備が必要です。

ステップ4:採択後に経費を執行し、実績報告を行う

採択されても、すぐに補助金が振り込まれるわけではありません。経費を実際に支払った後、実績報告書を提出し、審査を経て補助金が交付される流れが一般的です。入金まで数カ月かかることも珍しくありません。

申請でつまずきやすい失敗例

公募期間を見落とすケース

公募期間は年に複数回設けられることが多いものの、それぞれ1〜2カ月程度と短く、見積書や事業計画の準備が間に合わず申請を見送るケースがあります。M&Aの話が進み始めた段階で、並行して補助金のスケジュールも確認しておくと安心です。

対象経費の範囲を誤解するケース

仲介手数料のうち、成功報酬部分は対象になっても着手金部分は対象外、といったように費目ごとに細かな線引きがある場合があります。契約前に「この費用は補助対象か」を仲介会社や専門家に確認しないまま契約し、後から対象外と判明して想定より補助額が少なくなるケースがあります。

自己資金だけで進めてしまうケース

補助金はあくまで事後精算型が基本で、先に自己資金や借入で経費を立て替える必要があります。日本政策金融公庫の事業承継関連の融資制度と併用し、資金繰りを設計しておく方法も選択肢の一つです。

補助金以外に確認したい制度

事業承継税制との違い

補助金は「経費の一部を国が負担する制度」であるのに対し、事業承継税制は「相続税・贈与税の納税を猶予・免除する制度」で、性質が異なります。両方の制度を併用できる場合もあるため、税理士など専門家に相談しながら全体設計をすることが望ましいです。制度の詳細や最新の要件は中小企業庁の公表資料で確認できます。

自治体独自の補助金も確認する

国の補助金以外に、都道府県や市区町村が独自に事業承継・M&A支援の補助金を設けている場合があります。補助額は数十万円程度と国の制度より小さいことが多いものの、併用できるケースもあるため、本社所在地の自治体サイトも確認しておくとよいでしょう。

まとめ:申請前に専門家へ相談を

事業承継・引継ぎ補助金は、M&Aにかかる専門家費用や承継後の投資費用を軽減できる制度ですが、補助率・上限額・対象経費は年度ごとに変わります。申請を検討する段階で、M&A仲介会社や税理士、中小企業診断士などの専門家に早めに相談し、スケジュールと資金計画を合わせて確認することが、申請機会を逃さないポイントです。

よくある質問

Q. 事業承継M&A補助金はいくらもらえますか?
A. 補助率はおおよそ1/2〜2/3、上限額は数百万円程度に設定される年度が多いですが、枠の種類や年度によって異なるため、申請時点の公募要領で必ず確認してください。
Q. 個人事業主でも申請できますか?
A. 中小企業・小規模事業者が対象となる制度が多く、個人事業主も要件を満たせば対象になるケースがあります。詳細はその年度の公募要領を確認するか、専門家に相談することをおすすめします。
Q. 補助金とM&A仲介手数料はどちらを先に払いますか?
A. 補助金は原則として経費を立て替えた後に実績報告を行い、審査を経て交付される事後精算型です。先に自己資金や融資で手数料を支払う資金計画が必要になります。
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